Après l’interdiction des vœux et la suppression du clergé régulier intervenus aux termes de la loi du 13 février 1790, l'Assemblée nationale législative, par le décret du 18 août 1792, supprime les congrégations séculières principalement enseignantes et charitables, décision qui sera confirmée par les Articles organiques de l’an X.
Malgré cette réglementation certaines congrégations, essentiellement charitables, se sont maintenus sur le territoire, le décret du 3 messidor an XII prévoit donc la dissolution de toutes associations religieuses non autorisées et décide qu’aucune association ne pourra voir le jour sans avoir reçu l’autorisation par arrêté préfectoral.
Le 18 février 1809, les congrégations hospitalières de femmes sont à nouveau autorisées, après approbation de leurs statuts par l’administration des cultes dans le département. Le développement de l'instruction publique entraîne également une implantation massive de congrégations enseignantes sur l'ensemble du territoire : la loi du 24 mai 1825 et le décret du 31 janvier 1852 fixent, en conséquence, les conditions dans lesquelles les congrégations de femmes sont autorisées.
En revanche, l’État se montre beaucoup moins tolérant avec les congrégations d’hommes. Les autorisations d’établissement sont délivrées avec méfiance et les communautés sont le plus souvent uniquement tolérées jusqu’en 1880.
Dans le département de l'Yonne, le paysage semble assez confus, avec une multitude de congrégations implantées dans plusieurs communes du département. Il semblerait toutefois que les congrégations contemplatives – masculines comme féminines - soient moins présentes que les congrégations charitables et, surtout, enseignantes. Certaines congrégations paraissent néanmoins avoir bénéficié d'un plus grand rayonnement dans l'Yonne, comme les Sœurs de la Providence de Sens ou les frères de l'Instruction chrétienne, qui disposaient de plusieurs établissements répartis dans tout le département et que l'on retrouve très fréquemment dans les dossiers de la préfecture ou de l’archevêché.
À partir de la loi du 19 décembre 1876, suivie des décrets du 29 mars 1880, les congrégations religieuses, masculines comme féminines, quelle que soit leur occupation (enseignantes, charitables ou contemplatives) sont soumises à une autorisation du gouvernement, décidée après enquête et notifiée par décret.
L'offensive du gouvernement contre les congrégations se renforce avec la promulgation de la loi sur les associations le 1er juillet 1901, loi qui rappelle l'obligation d'obtenir une autorisation du gouvernement, puis la suppression de l'enseignement congréganiste avec la loi du 7 juillet 1904.
À l'issue de la loi de 1901, les demandes d'autorisation furent systématiquement rejetées – après examen toutefois – excepté pour les établissements congréganistes reconnus d'utilité publique, c'est-à-dire essentiellement les établissements charitables. Dépourvus d'autorisation, les autres congrégations furent contraintes de fermer leurs établissements et les communautés furent dissoutes. La préfecture, après instruction des demandes d'autorisation, est alors chargée de notifier les refus et de prononcer la liquidation de la congrégation concernée. La tension extrême qui découle de ce contexte oblige également la préfecture à exercer une surveillance sur les membres des congrégations dissoutes, ce qui se justifie par la réouverture illégale d'établissements fermés ou par des opérations plus isolées contre l'action du gouvernement. Par ailleurs, la liquidation des congrégations plaçant un certain nombre de religieux dans une situation difficile, il leur est possible d'obtenir une pension, ce dont témoignent quelques dossiers : après examen, la préfecture octroyait ces allocations et tenait à jour le recensement des bénéficiaires.